特案减免税是在税收的基本法规之外，由国务院、财政部、国家税务总局等权力机关特案规定的减税和免税。如《财政部、国家税务总局、对外贸易经济合作部关于外国政府和国际组织无偿援助项目在华采购物资免征增值税问题的通知》（财税[2002]2号）规定，自2001年8月1日起，对外国政府和国际组织无偿援助项目在国内采购的物资免征增值税，同时允许销售免税货物的单位，将免税货物的进项税额在其他内销货物的销项税额中抵扣。
