发票交叉稽核子系统是指一套对增值税专用发票、公路内河运输发票、机动车销售统一发票的记帐联和抵扣联比对的税务系统。该系统用采集的进项税额数据去比对相应的销项税额数据，如果比对不上或不符，有可能是进项税额信息虚假，也有可能是销项税额信息虚假或漏采以及企业未报税，需要移送协查系统检查。
