决策机制是创新机制体系的核心，它是在市场经济下，为谋求创新主体、创新客体、创新载体、创新媒体的协调，成果的显示进行系统决策的方式。包括创新内容决策、创新投入决策、实施方案决策等。在构建创新决策机制过程中，必须确保决策主体到位，即始终有人能对创新有关的问题做出决策，避免因为推诿而延误整个创新过程，必须确保决策的有效性，即有关决策必须能够得到切实有效的最终执行。
